Brazylijczyk stał na czele FIFA w latach 1974-1998. Jego następcą został Szwajcar Joseph Blatter, którego Komisja Etyczna FIFA zawiesiła w obowiązkach w związku z podejrzanym przelewem dwóch milionów franków szwajcarskich na konto Michela Platinego. Prokuratura Generalna Szwajcarii oraz Departament Sprawiedliwości USA, które wspólnie prowadzą postępowanie w sprawie tzw. afery FIFA, oskarża Blattera oraz dwóch innych prominentnych działaczy tej organizacji o nielegalne otrzymanie w ostatnich pięciu latach około 80 mln dolarów z FIFA.

 

Sam Havelange w 2013 roku zrzekł się tytułu honorowego prezydenta tej organizacji w następstwie uwikłania w aferę korupcyjną. Śledztwo Komisji Etycznej FIFA wykazało, że on oraz były szef brazylijskiej federacji Ricardo Teixeira, w owym czasie zięć Havelange'a, otrzymali łapówki od firmy marketingowej ISL.

 

W młodości Havelange startował w igrzyskach olimpijskich w Berlinie (1936) i w Helsinkach (1952) w konkurencjach pływackich oraz w piłce wodnej. Przez wiele dziesięcioleci był członkiem Międzynarodowego Komitetu Olimpijskiego. Jest patronem Stadionu Olimpijskiego w Rio de Janeiro, na którym o medale będą walczyć lekkoatleci.