Na stanowisku zastąpił swojego rodaka, Mauricio Pellegrino, który pod koniec maja podjął zaskakującą decyzję o zakończeniu pracy w klubie z Kraju Basków. Wcześniej wiele razy zapewniał, że "jest w klubie bardzo szczęśliwy".

Pellegrino na odejście z klubu zdecydował się w dwa dni po finale Copa del Rey, w którym jego zespół uległ Barcelonie 1:3. Argentyńczyk pracował w tej drużynie od czerwca 2016 roku.

36-letni Zubeldia przeszedł do Alaves z Independiente Medellin. W wieku 23 lat, z powodu poważnej kontuzji stawu kolanowego, zakończył karierę zawodowego piłkarza.