Bebeto zasłynął jako trener, który w 1984 roku zdobył z reprezentacją Brazylii srebrny medal na igrzyskach olimpijskich w Los Angeles. Kolejny wielki sukces osiągnął w 1988, tym razem z reprezentacją Włoch. Prowadzeni przez niego "Azzurri" sięgnęli po mistrzostwo świata w Japonii. Jako trener zaprezentował się jeszcze na dwóch igrzyskach olimpijskich - w 1972 roku w Monachium i cztery lata później w Montrealu.

W 2002 roku został prezesem Botafogo F.R. Zarządzany przez niego klub zdołał rok później awansować do najwyższej ligi w Brazylii -  Campeonato Brasileiro Série A.