Nowakowski do Trefla Gdańsk dołączył przed sezonem 2017/18, przenosząc się nad Bałtyk z Asseco Resovii. W swoim pierwszym sezonie w barwach "gdańskich lwów" wystąpił w 36 meczach, zdobywając łącznie 367 punktów, w tym 93 blokiem. Uplasował się także na drugiej pozycji ligowego rankingu najlepiej blokujących. 
 
W minionych rozgrywkach wystąpił w 23 spotkaniach PlusLigi oraz siedmiu meczach Ligi Mistrzów. Łącznie we wszystkich starciach zdobył 267 punktów, w tym 67 blokiem. Dwukrotnie został wybrany najlepszym zawodnikiem spotkania i wyróżniony statuetką MVP. Podczas dwóch sezonów w szeregach "gdańskich lwów" aktywnie uczestniczył też w wielu projektach marketingowych – m.in. promował siatkówkę wśród najmłodszych odwiedzając gdańskie żłobki, czy propagował zdrowy styl życia, biorąc udział w akcjach związanych z gotowaniem ryb i owoców morza.
 
– Bardzo dziękujemy Piotrowi za minione dwa sezony, wywalczone brązowy medal PlusLigi, Puchar Polski oraz awans do ćwierćfinału Ligi Mistrzów. Piotr to profesjonalista w każdym calu, zarówno na boisku, jak i poza nim, a przede wszystkim również wspaniały człowiek, aktywnie propagujący siatkówkę. Był to dla nas zaszczyt, że mieliśmy w swoich szeregach dwukrotnego mistrza świata – powiedział prezes Trefla Gdańsk.
 
– Życzymy Piotrowi kolejnych sukcesów i bardzo mocno trzymamy kciuki, by na jego szyi zawisł upragniony medal olimpijski. Gdańsk ze względów rodzinnych na pewno zawsze będzie dla Piotra bliski, ale także w klubie będzie zawsze czuł się "jak u siebie" – dodał prezes Gadomski.
 
Od pewnego czasu przyszłość dwukrotnego mistrza świata jest wiązana z drużyną ONICO Warszawa. W stolicy mają pracować również związani z Treflem w poprzednim sezonie Patryk Niemiec, Michał Kozłowski oraz trener Andrea Anastasi.